¿Cómo podemos saber si tenemos alguno de los dos un problema genético o cromosómico?

Aunque los genes se encuentran dentro de los cromosomas, es importante diferenciar claramente lo que es el estudio de los genes del estudio de los cromosomas. 
Las enfermedades genéticas están producidas por mutaciones de secuencias concretas del ADN. Cuando dicha mutación es conocida, es posible su búsqueda de dicha secuencia alterada en el genoma o cadena de ADN de un paciente mediante una sonda específica para dicho gen y para dicha mutación concreta. Como es inviable la búsqueda de todas las mutaciones conocidas para las miles de enfermedades genéticas posibles, ni tan siquiera para las más frecuentes, un estudio 'genético' sólo tiene sentido cuando existen antecedentes familiares de una concreta enfermedad hereditaria cuyo patrón de herencia permite suponer la posibilidad de que el individuo haya heredado dicha mutación. Por tanto los estudios genéticos suelen hacerse en función de los antecedentes familiares y no de una esterilidad o unos abortos de repetición. Cabe citar como excepción la búsqueda de alguna mutación en el gen de la fibrosis quística en los varones con azoospermia por agenesia bilateral de los conductos deferentes.
El cariotipo o estudio de los cromosomas es algo totalmente distinto y lo que se busca son anomalías numéricas o estructurales de los cromosomas. Para entender la diferencia podemos hacer un símil con el control de calidad en la edición de una enciclopedia de 46 tomos. Los errores genéticos serían las erratas de imprenta que sustituyen o suprimen letras o palabras del texto; los errores cromosómicos serían los errores de encuadernación.  Un análisis genético consistiría en buscar una errata de imprenta en un párrafo concreto , sólo posible si conocemos de alguna tirada previa que haya salido con dicha errata. El estudio cromosómico sería contar el número de tomos de cada envío, comprobando que no falta ni sobre ninguno y que no hay ninguno repetido, incluso contando el número de páginas de cada tomo para ver que no faltan ni sobran y que están encuadernadas en el tomo correspondiente, pero sin analizar el texto o el contenido de cada página. Este control estricto de la encuadernación se podría equiparar a un cariotipo, cuya principal pega es el largo tiempo que requiere, al menos tres semanas. Una alternativa más rápida, pero necesariamente menos fiable, sería el control únicamente de una página concreta de los tomos que más frecuentemente tienen alteraciones y es lo que sería equiparable a un estudio por inmunofluorescencia o FISH. A diferencia del estudio genético, la indicación de un cariotipo suele venir indicada por las características clínicas o los hallazgos de su estudio de esterilidad. La lista de las indicaciones es siempre discutible, sobre todo porque el único motivo en contra de su realización de forma sistemática como parte del estudio básico de esterilidad es el coste de la prueba y la escasa prevalencia cuando sólo hay como signo patológico el problema de esterilidad.
Pero hay casos en los que siempre es necesario descartar que no haya una alteración cromsómica en su causa, ya sea por alteración numérica de los cromosomas sexuales X e Y (las alteraciones numéricas o aneuploidías de los autosomas o cromosomas no sexuales no son esperables pues la única que es compatible con la vida adulta es la trisomía 21 o síndrome de Down) o por alteración estructural de cualquier cromosoma, como pueden ser las deleciones, las traslocaciones o las inversiones. Los casos en los que está siempre indicado un cariotipo de ambos es en los abortos de repetición o ante el nacimiento de un hijo (o su diagnóstico en la amniocentesis o en el estudio cromosómico de un aborto) con alguna alteración estructural. Las aneuploidías de los restos abortivos son tan frecuentes que, salvo que se repitan, no presuponen un mayor riesgo de alteraciones cromosómicas en los padres. El cariotipo debe realizarse a la mujer cuando presenta una amenorrea primaria, un fallo ovárico oculto antes de los 30 años o en todas aquellas con una talla baja, menor de 1,50 m al llegar a la edad fértil. El objetivo es descartar un mosaicismo con la falta en algunas de sus células de un cromosoma X (síndrome de Turner) o la presencia de un cromosoma Y (síndrome de Klinefelter). En los varones debe realizarse ante una azoospermia secretora o una oligospermia severa con menos de 5 mill./ml. de espermatozoides  en el seminograma. En él se debe descartar tanto la existencia de un cromosoma X de más en todas o algunas de sus células (síndrome de Klinefelter) como cualquier anomalía estrutural o, de forma específica la existencia de microdeleciones en el cromosoma Y, las cuales se encuentran hasta en un 7% de estos pacientes y no son detectables con cariotipos convencionales.