¿Pueden estar permeables las trompas pero no funcionar?

Efectivamente. Y esto uede deberse a dos tipos de alteraciones distintas.
Por un lado, la existencia de adherencias en el área pélvica, debidas a endometriosis, infecciones o cirugía previa, pueden distorsionar la forma y la situación de las trompas, de modo que su extremo se aleje de la posición del ovario. Las fimbrias o prolongaciones del extremo de la trompa se sitúan en el momento de la ovulación en contigüidad con la zona del ovario donde se produce la rotura del folículo y tiene lugar la salida del óvulo. Si éste óvulo al salir del folículo no encuentra dichas fimbrias no podrá ingresar en el interior de las trompas y caerá a la cavidad abdominal donde será reabsorbido sin posibilidad de ser fecundado.
Por otro lado, el interior de la trompa no es un mero tubo pasivo, sino que las células que recubren toda la superficie de su luz se encargan de manera activa de la nutrición del óvulo, antes y después de su fecundación, así como de su transporte desde las fimbrias hasta la cavidad uterina. Este transporte lo realizan mediante el movimiento sincronizado de multitud de cilios o diminutos pelillos que recubren como un terciopelo toda su superficie interior. La existencia de una infección crónica puede no llegar a ocluir la trompa pero sí haber dañado esta fina envoltura celular e impedir el normal funcionamiento de su función de nutrición y transporte del ovocito y el embrión. Este daño puede ser responsable tanto de la imposibilidad de embarazo como de que, en caso de producirse, el huevo fecundado no llegue al endometrio y anide en la mucosa de la trompa, lo que daría lugar a un embarazo ectópico o extrauterino.
Ambas situaciones, especialmente la segunda, son difíciles de valorar con las imágenes que nos proporciona la histerosalpingografía.