¿Hay más riesgo de aborto o embarazo ectópico que en un embarazo espontáneo?

Si. No tanto achacable a las técnicas de reproducción asistida en sí mismas sino a la causa subyacente al problema de esterilidad. En los casos de baja reserva folicular, como una edad elevada, en los que el ovario debe recurrir a ovocitos con mayor porcentaje de aneuploidías, se produce tanto una dificultad en su fecundacion como un aumento del número de abortos precoces porque muchos de los embriones implantados tienen también aneuplodías inviables.
Algunas enfermedades como la endometriosis, el síndrome de ovarios poliquísticos, el hipotiroidismo o la presencia de un hidrosálpinx a la par que dificultan la implantación aumentan el riesgo de una interrupción precoz del embarazo. Aunque en menor medida, los embarazos conseguidos con citrato de clomifeno presentan un ligero aumento en la tasa de abortos precoces que los embarazos espontáneos.
También el riesgo de embarazo ectópico tubárico es ligeramente mayor cuando se consigue con técnicas de reproducción asistida que cuando se hace de forma espontánea. 
Este embarazo ectópico tiene lugar cuando la implantación del embrión tiene lugar fuera de la cavidad uterina. Normalmente puede resolverse con tratamiento médico pero en ocasiones precisa de una intervención quirúrgica. La causa de la mayoría de ellos suele estar en un mal funcionamiento de las trompas que estaba detrás también de la dificultad para conseguir el embarazo. 
También en la transferencia embrionaria tras una FIV, aunque el ovocito fecundado no debe atravesar las trompas para llegar al útero, existe en ocasiones un flujo retrógrado del útero hacia las trompas que arrastra al embrión causando qe éste se implante en elas. La tasa global de embarazo ectópico tras una técnica de reproducción asistida es de un 5 % frente al 1 % de incidencia en los embarazos espontáneos.